محاسبه مساحت بعد از segmentation

[hooman]

سلام .
دوستان آیا راهی برای تبدیل پیکسل به سانتی متر هست .
مثلا مساحت یه مربع که با متلب حساب میشه 150 پیکسله . حالا این چند سانتی متر میشه ؟

[متلب]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

با سلام
باید ابعاد داشته باشی و
اگه مربع روی تصویری روی یه سطح صاف باشه
بستگی به مختصات محل قرار گیری دوربین و زاویه صفحه با اون داره

حالت ساده
صفحه عمود
در این حالت باید فاصله دوربین از تصویرو داشته باشی

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

یعنی فرمول خاصی برای محاسبه وجود نداره ؟

[hess]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام ..

معمولا دیتابیس ها (به خصوص دیتابیس های Biomedical) تصاویری دارند که به همراه اونها اطلاعات Camera calibration و سایز و البته Scale دیتاها قید میشه؛ به این دلیل که به طور کلی، مقیاس برخی عکس ها تا چند ده کیلومتر هم بالا میره (تصاویر ماهواره ای) و برخی تصاویر تا فمتو متر پایین خواهد اومد (برای مثال برای اندازه گیری ذرات هسته ی اتم در فیزیک ذرات) .. به این دلیل؛ بسیار مهم هست که به همراه تصویر؛ اطلاعات Scale اون رو هم بدونید .. این اطلاعات جزء ذات تصاویر هستند (در زمان تصویر برداری ثبت میشن) و معمولا به همراه دیتاها به عنوان داده های مکمل ارائه میشن .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

مرسی از لطفتون .
مشخصات عکسم اینه
dimension : 694*521
horizontal resolution: 80dpi
vertical resolution : 112 dpi
bit depth 24
با این مقادیر رابطه ای هست تا 1 پیکسل محاسبه بشه ؟

[shahryarrajabzadeh]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

اگه جایی که ازش عکس میگیرید مسطح باشه ولو با هر زاویه ای فکر کنم بشه با یه مقدار مثلثات چیزی رو که میخواین بدست بیارین
بیشتر راجع به سطحی که میخواین ازش تصویربرداری کنید توضیح بدید اون موقع میشه کمکتون کرد

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

نه نمیخوام از جایی عکس بگیرم
یه عکس با مشخصات بالا از اینترنت گرفتم دارم روش کار می کنم و میخوام اندازه هر پیکسل رو به دست بیارم .
مرسی

[shahryarrajabzadeh]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

میتونم بپرسم عکس از چیه؟
بعد اینکه برای مثال اگه یه نقاشی که از یه منظره طبیعی گرفته شده رو به شما بدند میتونید فواصل رو تخمین بزنید؟
مگر اینکه مثلا طول یه درخت مشخص رو بدونید در واقعیت چقدره و اشیاء اطرافش رو تخمین بزنید چه اندازه ای میتونند باشند
چیزی که میگم اینه که صورت مسئله کامل نیست که بتونید جوابش رو پیدا کنید
حداقل یه مقیاسی باید دستتون باشه که بشه کاریش کرد مثل طول یه شیء در عکس , زاویه دید , فاصله دوربین یا ناظری که نقاشی کرده تا منظره تصویر برداری شده و ...

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

مثل تومور

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام دوستان
آیا روشی برای محاسبه مساحت بعد از segmentation وجود داره ؟
مثلا برای یک تومور مغزی وقتی تومور رو با استفاده از روشی مثل GVF جدا کردیم حالا اگر بخوایم مساحت و اندازه تومور رو به دست بیاریم از چه روشی باید استفاده کرد ؟
مرسی

[Mohammad Sadegh Rostami]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام
اول اینکه scale کاریت چقدره؟
و بعد از اون اینکه هر پیکسل، معادل با چند میلیمتر (یا میکرو متر یا سانتی متر و ...) میشه؟
به عبارت دیگه باید بدونی این عکسی که از تومور داری
هر پیکسلش در دنیای واقعی اندازه ش چقدر میشه؟
بعدش بری به مراحله ی بعد :rolleyes:

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

مطلبی که اینجا نوشته در مورد محاسبه بعد از segmentation توی یه پست دیگه بود ولی آوردنش اینجا .
پس بهتره اول این طوری بیان کنم . من میخوام یه شکل رو سگمنت کنم و لبه هاش رو مشخص کنم بعد مساحت اون قسمتی که لبه هاش مشخص شده رو حساب کنم .
الان فرض بر اینه که با active contour لبه ها پیدا شده به نظر شما مرحله بعد برای محاسبه مساحت چه باید کرد . فعلا اندازه به پیکسل مهمه .
مرسی از لطفتون

[hess]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام ..

به این دلیل که موضوعات در بخش های مختلفی مطرح شده بود؛ بهتر دونستم که همه ی اونها رو با هم ادغام کنم (تا جایی که ممکن بود) تا بتونیم امیدوارانه جمعبندی داشته باشیم درباره ی این موضوع .. در ابتدا مساله ی Scale یا مقیاس تصویر .. بسیار مهم هست که تصویر شما دارای مقیاس مشخص شده، باشه .. اگر فعالیت تحقیقاتی میکنید؛ لازم و لازم و لازم هست که از مقیاس تصویرتون گاه باشید .. مقیاس هم چیزی جدای از اندازه و یا Resolution هست .. شاید بهتر این باشه که در این مورد یک خلاصه ی کوتاه (!) در همین تاپیک بنویسید؛ خیلی کمک خواهد کرد به تردیدها .. در مورد سگمنت کردن سلول ها (؟) الگوریتم های مختلفی رو میتونید تست کنید؛ همونطور که یکی از مراحل تحقیقات تست کردن الگوریتم های مختلف هست .. معمولا برای این گونه تصاویر؛ از Contour ها میتونید بهترین نتیجه رو بگیرید .. برای شروع هم شاید بهتر این باشه که از تصویر ساده ی زیر استفاده کنید و تست هاتون رو بر روی اون انجام بدید و سپس، بر روی تصاویر اصلی ..

همونطور که پیش از این هم در این مورد صحبت و بحث کرده ایم، یکی از الگوریتم هایی که میتونه به خوبی کمکتون کنه؛ الگوریتم LBF هست .. اگر این الگوریتم رو بر روی تصویر بالا اجرا کنید، میتونید پس از 500 مرحله Iteration به نتیجه ی مطلوب زیر برسید ..

در یک قسمت دیگر هم مطرح کرده بودید که لازم هست به مرکز سلول ها (؟) دسترسی پیدا کنید و اونها رو Spot کنید .. این کار رو میتونید با استفاده از باینری کردن تصویر با یک Threshold مشخص، به دست بیارید (اطلاعات رنگی پیکسل ها برای انتخاب یک Threshold مناسب میتونن بسیار مفید باشن؛ از اونها هرگز غافل نشید) .. برای مثال با اجرای چند دستور روتین زیر، میتونید به نتیجه ی تصویر بعد برسید ..

تـصـویـر نـتـیـجـه

با استفاده از تکنیک های Morphology (البته در تصویر) هم میتونید به "هرس" کردن پیکسل های نا مربوط فکر کنید (البته با توجه به Scale یا مقیاسی که دارید لازم هست که یک Trade-Off بذارید بین این موضوع که چقدر از پیکسل های هسته از دست میرند تا پیکسل های نامربوط "هرس" بشند .. به طبع این موضوع میتونه بر روی دقت محاسبه ی مساحت یا بزرگی هسته ها تاثیرگذار باشه که برای این موضوع میتونید از اعلام اندازه یا مساحت با تقریب و درصد خطایی محدود؛ به سلامت عبور کنید .. برای محاسبه ی اندازه ی هسته ها هم میتونید با استفاده از تکنیک ها خلاقانه و نه "کلیشه" به راحتی به نتیجه برسید .. برای مثال یک مستطیل که در حالت خاص مربع خواهد بود؛ به دور هسته در نظر بگیرید و پیکسل های سیاه رو در این مستطیل شمارش کنید و یک نسبت ساده و ادامه ی کار ) .. امیدوارم که مطالب بالا بتونن براتون مفید باشن .. در انتهای این پست هم میتونید کد مربوط به LBF و رفرنس اون رو دانلود کنید و از اون ها استفاده .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[hooman]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام . مرسی از لطفتون .
من برنامه رو اجرا کردم ولی نتونستم به نتیجه مطلوب برسم . یک دلیل شاید اینه که نمی دونم چه گزینه هایی رو تغییر بدم تا نتیجه بهتر بگیرم .
من مقدار coefficient of the length term را تغییر دادم ولی نتیجه خوبی به دست نیومد .
پسوند عکس رو هم به pgm تغییر دادم ولی نتیجه ای به دست نیومد . شاید باید تغییراتی روی عکس ایجاد کنم .

iterNum = 600;
lambda1 = 1;
lambda2 = 2;
nu = 0.004*255*255;% coefficient of the length term
initialLSF = ones(size(Img(:,:,1))).*c0;
initialLSF(100:400,110:440) = -c0;

[hess]

پاسخ : محاسبه مساحت بعد از segmentation

سلام ..

برای بهتر نتیجه گرفتن لازم هست که کمی بر روی تصویرتون Preprocessing انجام بدید و سپس اون رو به الگوریتم بدید .. کمی باید با تصویر دست و پنجه نرم کنید و ایده های خلاقانه استفاده کنید .. از هیستوگرام و اطلاعات رنگی پیکسل ها هم استفاده کنید .. برای این منظور هم میتونید از توابع هیستوگرام استفاده کنید و هم از دستور imview در متلب .. میتونید اطلاعات رنگی هر پیکسل رو به صورت زیر ببینید ..

همچنین؛ اگر بر روی سگمنتیشن کار میکنید؛ از الگوریتم های ساده و پایه هم غافل نشید .. درست هست که کانتورها خیلی خوب میتونن در تصاویر پزشکی انجام وظیفه کنن امــا برخی الگوریتم های ساده و پایه مانند edge هم میتونن کمی بهتون ایده بدن .. مثل تصویر زیر ..

شاید لازم هست که کمی به آزمایش و ایده پردازی بپردازید .. اگر در تلاش برای انتشار مقاله هستید؛ این موضوع رو نباید فراموش کنید .. از خواندن مقالات هم غافل نشید .. در مورد کدنویسی کانتورها هم که در تاپیک دیگری سوال پرسیده بودید؛ این کدها پیاده سازی الگوریتم های داخل مقالات هستند .. بنابراین برای شکستن Buzz اونها، باید بر روی خوندن مشی الگوریتم اونها و در اصطلاح Pseudo ها (توضیح کوتاه اینکه الگوریتم چه میکند .. برای انتشار مقاله به این موضوع هم احتیاج پیدا میکنید) تمرکز بیشتری داشته باشید .. موفق و سلامت و شاد باشید ..