سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

[R2013]

سلام دوستان
وقت بخیر
من میخوام استخوان های شکسته مهره را از سایر استخوان ها شناسایی کنم. میشه راهنماییم کنید باید از کجا شروع کنم .از چه الگوریتمی باید استفاده کنم؟از چه تابع هایی استفاده کنم ؟ ایده ی کار به چه صورتیه؟ ممنون میشم اگر چند نمونه پروژه متلب تو زمینه سگمنتیشن که چگونگیه روند سگمنتیشن را نشون میده بم معرفی کنین

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

شاید مطالب ایـن و/یا ایـن تاپیک بتونن براتون مفید باشن .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

سلام دوستان
وقت بخیر
من دانشجوی ارشد مهندسی پزشکی هستم. موضوع تزم تشخیص شکستگی استخوان مهره به روش سگمنتیشنه.میخوام استخوان های شکسته مهره را از سایر استخوان ها شناسایی کنم. میشه راهنماییم کنید باید از کجا شروع کنم .از چه الگوریتمی باید استفاده کنم؟از چه تابع هایی استفاده کنم ؟ ایده ی کار به چه صورتیه؟ ممنون میشم اگر چند نمونه پروژه متلب تو زمینه سگمنتیشن که چگونگیه روند سگمنتیشن را نشون میده بم معرفی کنین

[R2013]

پاسخ: سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام
این لینکهایی که فرمودین رو قبلا خوندم.اما هنوز خیلی مسایل واسم مبهمه. میشه لطفا اگر mfile ای در زمینه ی سگمنتیشن هست بم بدین؟ممنون میشم.

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

در تاپیک های نامبرده؛ تعداد زیادی کد از الگوریتم های متفاوت در زمینه ی Segmentation ضمیمه هستند؛ که بنابر نوع طرحی که دارید میتونید از اونها استفاده کنید .. شاید بهتر این باشه که کمی در مورد طرحتون بیشتر توضیح بدید و چند نمونه تصویر هم به عنوان نمونه قرار بدید به این منظور و امید که کمی دقیقتر امکان بحث و تبادل نظر فراهم بشه .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[R2013]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام
من برای شروع کار با 2 مقاله ی زیر در زمینه شکستگی ستون مهره شروع کردم که تصویری که به طور نمونه میخوام روی اون کار کنم از داخل همین مقاله هست.

[اونطوری که متوجه شدم چون تصویر پزشکیه باید از روش کانتور استفاده کنم.درسته؟
اینکه چطور مهره ها رو سگمنت کنم و اساس کار چیه؟
از چه توابعی تو متلب باید استفاده کنم؟
اگه سوالام خیلی ابتدایی و البته کلی هست عذر میخوام.من کاملا تو این زمینه تازه وارد هستم

ممنون از اینکه وقت میذارین و جواب سوالامونو میدین

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

در ایـن تاپیک؛ با استفاده از الگوریتم PIG موفق به سگمنت کردن تصاویر پزشکی گرفته شده از مغز و پیدا کردن ناحیه ی Tumor شده بودیم .. به این دلیل که انتشار مقاله و ایده ی اصلی PIG بر روی تصاویر شـش ها و عروق و بافت های داخلی بدن بود؛ (از نظر بافت و ساختار تصویر؛ خیلی مشابه با زمینه ی تصاویر شما)؛ شاید این الگوریتم بتونه برای طرح شما هم مفید باشه .. فایل؛ کد؛ رفرنس و مطالب مربوط به این الگوریتم رو میتونید در ایـن پست بررسی کنید .. فرصت تست کردن تصاویر شما با این و یا دیگر الگوریتم ها رو هنوز پیدا نکردم و خیلی راحت نیستم؛ موضوعی رو که تست نکردم به عنوان پیشنهاد مطرح کنم؛ امــا احساس میکنم زمان هم برای شما مهم هست و نمیخوام سبب اتلاف اون باشم .. تصاویرتون رو با این الگوریتم تست کنید و نتیجه رو در صورت امکان در ادامه ی پست های این تاپیک قرار بدید (من هم در اولین فرصت تصاویر رو امیدوارانه تست میکنم با چند الگوریتم) .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[R2013]

پاسخ : پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام
وقت بخیر
من تمام اون فایل ها و کدها را که فرموده بودین اجرا کردم .فایلActive_Contours_Snakes_Demo
که تو پست82 گذاشته بودین به پروژه ی من شبیه .چون من هم باید به صورت دستی 60 نقطه را روی لبه ها ایجاد کنم و لبه های مورد نظرم را سگمنت کنم.
اما وقتی همون فایل را روی تصویر خودم اجرا میکنم همون ابتدا تو قسمت guideبعد از انتخاب تصویر وقتی گزینه ی filterرا میزنم این خطارو میده
??? Undefined function or method 'conv2' for input arguments of type 'double' and
attributes 'full 3d real'.
Error in ==> filter2 at 73
y = conv2(hcol, hrow, x, shape);
Error in ==> filter_function at 48
smth = filter2(smask, image, 'same'
Error in ==> snk>pushbutton1_Callback at 357
y = filter_function(handles.image,sigma_val); % smooths the image
Error in ==> gui_mainfcn at 96
feval(varargin{:});
Error in ==> snk at 85
gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
Error in ==>
@(hObject,eventdata)snk('pushbutton1_Callback ',hObject,eventdata,guidata(hObject))
??? Error while evaluating uicontrol Callback
این تصویریه که روش سگمنت باید صورت بگیره



آیا باید روی فایل هم تغییری ایجاد کنم؟
یه سوال دیگه توی این فایل 4 تا ام فایل (filter_function و interate و getsnake و snk)هست.تفاوت اینهارو میشه بگین چیه؟ توی همشون گفته کهguide را تایپ کنید و ادامه کار....
ممنون

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

فکر میکنم در بین کدهای PIG؛ یک الگوریتم هست با نام CoD که وظیفه ی تگ کردن (علامت گذاری کردن) نقاطی رو بر روی تصویر بر عهده داره که طبق الگوریتم به عنوان خروجی انتخاب میشن و به همین دلیل شاید لازم نباشه شما به صورت مستقیم این نقاط رو ست کنید بر روی تصویرتون (--میتونه حتی این نکته؛ نقطه ی قوت و مثبت کارتون باشه/بشه در آینده--) .. در مورد خطایی که دریافت میکنید؛ لازم هست که تصویرتون رو با الگوریتم تست کنم تا بتونم دقیق پاسخ بدم .. آخر این هفته سعی میکنم امیدوارانه حتما این کار رو انجام بدم و نتیجه رو در ادامه ی همین تاپیک قرار بدم .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

خطایی که با اون مواجه میشید؛ به این دلیل هست که تصاویر ورودی لازم هست که 2D باشند و نه 3D .. اگر مستقیم در Script این امکان وجود داشت تا تصاویر رو تبدیل کنیم به ماتریس دو بعدی؛ بلافاصله از دستور rgb2gray استفاده میکردیم؛ امــا در GUI کمی این کار مشکل هست .. یک راه حل ساده این هست که ما در ابتدا تصاویر مورد آزمایشمون رو دوبعدی کنیم در Workspace نرم افزار MATLAB و اونها رو ذخیره کنیم در آدرس دایرکتوری ای که در اونجا هستیم؛ با دستور imwrite .. بعد از انجام این مرحله؛ بدون مشکل میتونید تصویرتون رو به به عنوان ورودی به الگوریتم بدید و سپس تست کنید .. برای مثال تصویر زیر میتونه قبل از پردازش؛ در GUI بارگذاری بشه .. در مورد توضیح برنامه ها هم؛ دو فایل انتهایی ضمیمه شده ی این پست میتونن امیدوارانه براتون مفید باشن .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[R2013]

پاسخ : پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام

چطوری ماتریس 3D رو به 2D تبدیل کنم؟همونطوریکه فرمودین در حالت عادی باrgb2grayاین کارو میکردیم.اما تا به حال تو workspace اینکارو نکردم؟
میشه لطفا در این مورد توضیح بدین یا اگه پستی در این مورد هست معرفی کنین؟
ممنون

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

در تصویر زیر یک مثال از اونچه که میتونید انجام بدید در Workspace نرم افزار MATLAB؛ ضمیمه شده .. امید که این تصویر بتونه براتون مفید باشه .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[R2013]

پاسخ : پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام
ممنون بابت راهنمایی که کردید.من اون سورس کد را روی تصویره خودم اجرا کردم و تا حدودی لبه های مورد نظر را سگمنت کرد.الان دیدیم نسبت به این موضوع خیلی بهتر شده.
به نظرتون اگه بخوام بدون استفاده از این سورس کدها برنامه رو بنویسم و تصویر را به همین نحو سگمنت کنم امکان پذیزه؟
این که اول تصویرمو یه فیلتر گوسی بزنم و بعد از فرمول تابع انرژی استفاده کنم؟

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام ..

حتما این امکان هست .. تنها دلیلی که در پاسخ پست ها؛ اشاره به موارد مشابه میکنیم، این هست که در درجه ی اول؛ با الگوریتم ها؛ ایده ها و نوع نگاه های متفاوت آشنا بشیم و در درجه ی بعد؛ روند پیشرفت پیاده سازی رو تسریع ببخشیم .. بنابراین؛ میتونید کد رو از ابتدا بنویسید؛ امـــا طبیعتا با کمک رفرنس ها و مطالبی که در تاپیک ها و پست های بالا به اونها اشاره کردیم .. بعلاوه؛ چه بهتر این هست که در صورت امکان بتونید بر مبنای یک الگوریتم خاص پیش برید و کیفیت و نتیجه ی اون رو بر طبق طرح و تصاویر خودتون بهینه کنید؛ با این امید و هدف که بتونید تازگی ایده ی خودتون رو به عنوان یک مقاله ی تازه در انتها منتشر کنید .. در مورد فیلتر Gaussian هم ذکر این نکته شاید بتونه کمکتون کنه که این فیلتر، تنها فیلتری نیست که میتونه مورد استفاده قرار بگیره .. بنابر نوع تصویری که دارید میتونید طبیعتا از فیلترهای دیگر هم استفاده کنید و نتیجه ی اونها رو بر روی تصویر و نتیجه ی خروجی بررسی کنید (--در کد بالا هم میتونید این کار رو انجام بدید .. اگر اشتباه نکنم؛ یک Script ای هست با نام filters .. اونجا میتونید نوع kernel ای که استفاده شده رو تغییر بدید؛ و نتیجه ی خروجی رو با این تغییرات اعمال شده مشاهده کنید--).. تلاش فیلترها این هست که به نوعی به الگوریتم Segmentation کمک کنن تا تصویر نهایی بهتر بتونه در آخر سگمنت بشه .. موفق و سلامت و شاد باشید ..

[R2013]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای مهره

سلام دوستان
سمینار من راجع به تشخیص مهره ها بود که با کمک و راهنمایی آقای حسام الدین به نتایج خوبی رسید.و با پیشنهاد ایشون قرار شد روند کار رو اینجا برای شما دوستان بذارم که شاید برای کارهای مشابه مفید باشه.البته باید بابت تآخیر هم عذرخواهی کنم.این مدت درگیر امتحاناتم بودم که خدارو شکر تموم شد.
ما تا اونجایی پیش رفتیم که تشخیص مهره ها به صورت دستی انجام میشد و با متدهای کانتور این عمل به خوبی انجام شد اما من میخواستم یه قدم برم جلو تر و این کار رو به صورت اتوماتیک انجام بدم برای همین باید اول رزولوشن و کنتراست تصویرمو میبردم بالا چون تصاویر گری لول اونم از نوع رادیوگرافیش بودند تداخل رنگهای زیادی دارشتند برای همین از هیستوگرام محلی برای این منظور استفاده کردم که شکل اینطوری شد

توی مرحله بعد برای سگمنت کردن از فیلتر پروویت که لبه هارو تشخیص میده استفاده کردم ولی هنوز یه سری نقاط اضافه تو تصویر وجود داشت که با روش مورفولوژی اون نقاط را از بین بردیم تصویر نهایی ام اینطوری شد

آقای حسام الدین اگه جاییشو اشتباه یا بد گفتم ممنون میشم اصلاحش کنید.

[hess]

پاسخ : سگمنتیشن تصاویر پزشکی - استخوانهای م&#

سلام ..

ممنون از پست بسیار ارزشمندتون .. در صورت تمایل و امکان، میتونید کد تا به اینجای طرحتون رو هم برای دوستان آینده، در پستتون به اشتراک بگذارید .. بعلاوه؛ شاید مطالب ایـن تاپیک هم بتونن در راستای موارد مورد بررسی شما، برای آینده ی طرحتون امیدوارانه مفید باشن .. پیروز باشید ..